Christian Pfeiffer wurde 1944 in Frankfurt/Oder als viertes Kind einer Bauernfamilie geboren, die 1952 nach Westdeutschland flüchtete. Nach dem Abitur ging er von 1963 bis 1965 zur Bundeswehr, Abschluss als Leutnant d. Reserve.
1965 bis 1971 Studium der Rechtswissenschaften in München, Stipendiat der Studienstiftung des Deutschen Volkes, 1. Staatsexamen. Anschließend Studium der Sozialwissenschaften und Kriminologie an der London School of Economics and Political Sciences. 1971 bis 1975 Referendarzeit in München mit 2. Staatsexamen.
Von 1976 bis 1984 Wissenschaftlicher Assistent am Lehrstuhl für Kriminologie, Jugendstrafrecht und Strafvollzug der Universität München bei Prof. Dr. Schüler-Springorum; während dieser Zeit Gründer und 1. Vorsitzender des Vereins BRÜCKE e.V. in München, der einen Modellversuch zur Erprobung neuer Maßnahmen bei der Betreuung straffälliger Jugendlicher durchführt. Das Projekt erhält 1982 den von der Landesregierung vergebenen bayerischen Sozialpreis und wird bundesweit zum Vorbild für mehr als 400 Nachfolgeprojekte; Initiator des ersten deutschen Modellversuchs zur Erprobung des Täter-Opfer-Ausgleichs im Jugendstrafrecht (Braunschweig) und im Allgemeinen Strafrecht, der Ausgangspunkt für mehr als 200 Nachfolgeprojekte wurde.
1984/85 war er Heisenberg-Stipendiat der Deutschen Forschungsgemeinschaft.
Seit 1985 stellvertretender Direktor und seit 1988 alleiniger Direktor des Kriminologischen Forschungsinstituts Niedersachsen e.V., parallel dazu seit 1987 Universitätsprofessur für Kriminologie, Jugendstrafrecht, Strafvollzug am Fachbereich Rechtswissenschaften der Universität Hannover. Von Dezember 2000 bis März 2003 niedersächsischer Justizminister, danach Rückkehr als Direktor des Kriminologischen Forschungsinstituts Niedersachsens.
Seit 1984 mit der Juristin Anna Maier-Pfeiffer verheiratet. Beide haben eine Tochter und einen Sohn.
Veranstaltungen mit Prof. Dr. Christian Pfeiffer:
Vortrag und Gespräch mit Prof. Dr. Christian Pfeiffer: Medienkonsum bei Kindern und Jugendlichen
Vortrag und Diskussion mit: Prof. Dr. Christian Pfeiffer: Höhere Strafen – Höhere Sicherheit?