Jerzy Margański wurde am 27. Juli 1955 in Tarnobrzeg geboren. Von 1975 bis 1976 war er als Techniker im Woiwodschaftsamt für Telekommunikation in Tarnobrzeg tätig. Anschließend studierte er von 1976 bis 1985 Philosophie an der Jagiellonen-Universität in Krakau, von 1985 bis 1989 hielt er sich als Doktorand an der Albert-Ludwigs-Universität in Freiburg im Breisgau auf. 1990 promovierte er – wieder an der Krakauer Universität – zum Doktor der Philosophie.
Zwischen 1990 bis 1995 war er als zweiter und erster Sekretär im Botschaftsrat an der Botschaft der Republik Polen in Bonn tätig. Von 1995 bis 1997 arbeitete er im Ministerium für Auswärtige Angelegenheiten – zunächst als stellvertretender Direktor und als Direktor in der Abteilung Europa I, später als Direktor der Abteilung für Westeuropa.
Zwischen 1997 und 1999 leitete er die Außenstelle der polnischen Botschaft in Berlin.
Anschließend war er bis 2001 Direktor des Ministerbüros im Ministerium für Auswärtige Angelegenheiten. Von 2001 bis 2005 war Dr. Jerzy Margański Botschafter in Bern. Danach arbeitet er bis 2008 in verschiedenen Abteilungen im Ministerium für Auswärtige Angelegenheiten.
Von 2008 bis 2012 war er Botschafter in Wien. Seit Februar 2013 ist Dr. Margański Botschafter der Republik Polen in der Bundesrepublik Deutschland.
Veranstaltung mit S.E. Dr. Jerzy Margański: Polen und Deutschland in Europa am 20.6.2015